中国药科大学期刊编辑部归属于中国药科大学科学技术研究院，全面负责中国药科大学主办期刊的编辑、出版、发行、传播、交流等工作。期刊编辑部分为英文编辑部、中文编辑部。

一、英文编辑部下设两个编辑部（室）

1.Targetome 编辑部

2.《中国天然药物》（英文）编辑部

二、中文编辑部下设四个编辑部（室）

1.《中国药科大学学报》编辑部

2.《药学进展》编辑部

3.《药学教育》编辑部

4.《中国药学年鉴》编辑部